Đài thiên văn McDonald ban đầu được tài trợ bởi chủ ngân hàng Texas William Johnson McDonald (1844 – 1926), người đã để lại khoảng 1.000.000 đô la - phần lớn tài sản của mình - cho Đại học Texas để xây dựng một đài thiên văn. Việc thực hiện di chúc đã bị thách thức bởi những người thân của McDonald, nhưng sau một cuộc chiến pháp lý kéo dài, Trường đã nhận được khoảng 800.000 đô la từ bất động sản và việc xây dựng bắt đầu tại Mt. Locke. Kính thiên văn Otto Struve lúc đó chưa được đặt tên được dành riêng vào ngày 5 tháng 5 năm 1939 và tại thời điểm đó là kính viễn vọng lớn thứ hai trên thế giới. Đài thiên văn McDonald được Đại học Chicago vận hành theo hợp đồng cho đến những năm 1960, khi quyền kiểm soát được chuyển đến Đại học Texas tại Austin dưới sự chỉ đạo của Harlan J. Smith.[2]

Nghiên cứu ngày hôm nay tại Đài thiên văn McDonald bao gồm rất nhiều chủ đề và dự án, bao gồm các hệ thống hành tinh, sao và quang phổ sao, môi trường liên sao, thiên văn học ngoài vũ trụ và thiên văn học lý thuyết.[3]